Anche la ceramica di Scorba (4500-4100 a.C.), villaggio presso Mġarr, somiglia molto a quella ritrovata in Sicilia e comprova quanto siano stati continui i rapporti tra Malta e la sorella maggiore. Questa fase è caratterizzata dalle prime evidenze di attività rituali, di cui, il piccolo tempio di Skorba, può considerarsi il precursore delle costruzioni megalitiche successive.

 

A partire dal 3500 a.C., si assiste a un fiorire di templi megalitici, primo fra tutti a Gigantia (Ggantija), sull'isoletta di Gozo; altre imponenti strutture sono presenti a Hagar Qim, Mnajdra, Ta Hagrat ("le pietre"), Tarxien. A questo periodo temporale (3600-2500 a.C.) si lega un'interessante caratteristica archeologica, rinvenuta in diverse località dell'isola e consistente in scanalature uniformi ed equidistanti tra di loro soprannominate cart ruts o cart racks: la più notevole è quella conosciuta col nome Clapham Junction. Probabilmente, i solchi potrebbero essere stati causati dal continuo passaggio delle ruote dei carrelli adibiti al trasporto della pietra, che, a lungo andare, finirono per intaccare il tenero calcare di cui è costituita l'isola. Il "popolo dei templi" scomparve intorno al 2500 a.C., per cause ancora sconosciute; sono state avanzate diverse teorie, dall'aumento della conflittualità interna all'insorgere di una grave epidemia, ma nessuna ha ancora trovato consenso fra gli studiosi.

 

Le isole maltesi rimasero così spopolate per qualche centinaio di anni, fino a quando l'arrivo di un nuovo flusso migratorio introdusse nell'isola una nuova cultura: quella dei "costruttori dei dolmen". Nella maggior parte dei casi si tratta di piccole camere con la copertura costituita da una grande lastra posta sopra delle pietre verticali, riconducibili a una popolazione del bronzo antico (2150 a.C.) diversa da quella che aveva edificato i precedenti templi megalitici. Ancora una volta, si sarà trattato di gente proveniente dalla Sicilia, per la somiglianza dei dolmen maltesi con analoghe strutture da poco ritrovate anche nell'isola più grande del Mediterraneo.

 

I Fenici colonizzarono Malta solo intorno al 1000 a.C., usandola come avamposto per la loro espansione e i loro commerci nel mar Mediterraneo; alcuni resti risalenti a quel periodo sono ancora rinvenibili sull'isola. In seguito, nel 736 a.C. essa venne occupata dai Greci, che la chiamarono Melita.

 

Fra il 480 e il 400 a.C. l'isola finì sotto il controllo di Cartagine, e poi, nell'ambito dello scontro fra le due potenze mediterranee durante la seconda guerra punica, sotto il dominio romano: Malta fu conquistata nel 218 a.C. dalle forze guidate dal console Tiberio Sempronio Longo. In epoca romana, l'isola venne assurta a municipium e il capoluogo Melita (l'odierna Mdina) raggiunse la sua massima espansione. Nell'anno 60 d.C. l'isola fu visitata da San Paolo (il nome di Malta è citato negli Atti degli Apostoli, dove è presente la descrizione del naufragio del santo), che si dice abbia attraccato nella zona che oggi porta il nome di Baia di San Paolo (in maltese San Pawl il-Bahar) in ricordo dell'evento.

 

Dopo la caduta dell'Impero romano d'Occidente, Malta venne saccheggiata dai Vandali e conquistata dagli Ostrogoti, prima di passare, fra il 533 e il 544, sotto il dominio bizantino, che durò sino al IX secolo.